نظام سلامت ایران با چالش‌های مختلفی روبروست، که در نهایت منجر به ناپایداری آن شده است.
تامین مالی نظام سلامت ایران وابسته به درآمد‌های ناپایداری چون درآمد نفتی است. 

ناترازی عرضه ناترازی عرضه و تقاضا در بخش بهداشت و درمان وجود داشته و نسبت پزشک، پرستار و تخت بیمارستانی به جمعیت با نیاز واقعی جامعه هم‌خوانی ندارد.

همین منابع موجود نیز به صورت عادلانه توزیع نشده است.  در کنار این عوامل پرداخت از جیب خانوار ایرانی بیش از دوبرابر متوسط جهانی است که این امر از عوامل اصلی فقر سلامت است.
تمامی این چالش‌ها به هم وابسته بوده و منجر به ناپایداری نظام سلامت ایران شده‌است؛ لذا حل آن‌ها بدون در نظر گرفتن اثرات آن بر دیگری ممکن نیست. درنتیجه مرکز مطالعات سیستم‌های اقتصادی اجتماعی شریف با هدف کمک به شناخت عمیق‌تر این مسئله، ایجاد آگاهی نسبت به گلوگاه‌های سیاستی در این حوزه، بررسی اثرات سیاست‌های مختلف و کمک به سیاست‌گذار در اتخاذ تصمیمات کارا و اثربخش اقدام به تعریف پروژه‌ای در این حوزه کرده است.
پژوهشگران مرکز داده‌های نظام سلامت ایران را از منابع معتبر داخلی و بین‌المللی استخراج کرده و روند تغییرات متغیر‌های مهم را در طول زمان و با کشور‌های مختلف جهان مقایسه کردند. 

در راستای شناخت و دستیابی به تعریف مساله روشن، جلسات متعددی با پژوهشگران و خبرگان این حوزه برگزار کرده‌اند.  متغیر‌های کلیدی مهم را شناسایی و به سه فرضیه مهم که در ایجاد ناپایداری در نظام سلامت دست یافتند: 

فرضیه تسلط کوتاه مدت: نسبت تخصیص منابع به پیشگیری نسبت به درمان در کشور ما بسیار پایین است، به دلیل تورم، محدودیت مالی و سیاست‌گذاری غیرکارا، تمرکز بخش سلامت کشور بر حمایت کوتاه مدت و درمان بیماری‌ است تا ارتقا کیفی وضع سلامت مردم و پیشگیری از بیماری و یا ایجاد زیرساخت در بلند مدت.
چرخه فرسایش ظرفیت : اولویت سیاست گذار بر کنترل فشار‌های آنی باعث شده است تا نسبت هزینه‌های جاری به عمرانی پایین باشد، سرمایه‌گذاری در زیرساخت کاهش پیدا کند و در‌نتیجه افزایش ظرفیت در بلند مدت انجام نگیرد. این موضوع تدریجا منجر به کاهش کیفیت خدمات و افزایش هزینه‌ها خواهد شد.

رشد بیماری‌های غیرواگیر و افزایش سالمندی جمعیت منجر به تشدید وضعیت در دو حلقه ذکر شده گشته و در نهایت باعث ناترازی عرضه به تقاضا در این بخش شده‌است.

تعرفه‌گذاری نا‌کارآمد: علیرغم گسترش بیمه‌ها با‌توجه به بالا بودن سهم پرداخت از جیب برای خانوار ایرانی (حدود دوبرابر متوسط جهانی)، دولت اقدام به تعرفه‌گذاری دستوری برای خدمات حوزه سلامت کرده‌است. به دلیل اختلاف این روش قیمت‌گذاری با تعرفه واقعی، مشکلات متعددی برای ذینفعان مختلف ایجاد شده است و انگیزه بخش خصوصی برای ورود به این حوزه را کاهش داده است. 

خروجی این مرحله چارچوب مفهومی مدل پویایی نظام سلامت است که مبنای طراحی مدل علی–حلقوی و سناریوهای سیاستی برای پایداری مالی و عدالت سلامت قرار خواهد گرفت.